目前羊肚菌人工栽培常遇到三个问题：同一品种，菌丝细胞表现不同当你驯化出羊肚菌新品种的时候，在同一条件下菌丝生长却有不同的表现，特别是每接种一次都与前次菌丝生长不一样。无论是菌丝的长短、粗细、快慢、颜色、长势及最后的表现都不相同。哪怕是原来用过的，或是第一年出过菇的老菌种也是如此。采取同样的菌种、同样的原料、同样的配方、同样的操作方法，同等的温湿度及内外界条件，却表现为较大的差别。在生物进化过程中，变异能使生物优胜劣汰。羊肚菌要从野生变为人工，改变了它的生态环境，尽管在非常优越的条件下，常常遇到的是优变劣，变异性大是羊肚菌栽培碰到的主要问题。因此，对人工栽培带来相当大的难度。

小顶羊肚菌：江苏野生羊肚菌菌盖狭圆锥形，顶端尖，高2-5cm。基部宽1.7-3.3cm,凹坑多长方形，蛋壳色。棱纹黑色，纵向排列，由横脉连接。柄乳白色，近圆 柱形 ，优质野生羊肚菌耀彩网登录大厅长3-5cm，粗11-20mm，上部平，基部稍有凹槽。子囊（210-250）μm×（15-20）μm。孢子单行排列，（22-26）μm×（12-14）μm，侧丝顶端膨大，直径达11μm。

　　4、区域发展不平衡性，鲜品储存周期短，销售费用过高，销售渠道有限。5、羊肚菌周年化生产技术还没有突破，当前产量很不稳定，稍有不慎，不出菇或颗粒无收的事情时有发生，造成种植者血本无归。6、行业虚假宣传，假培训层出不穷，种植者学习和掌握真本领很难，稍有不慎，高额的学费就打了水漂。7、行业管理不规范，羊肚菌品牌化之路刚开始，深加工产品虽有问世，但只是起步阶段，有很长的路要走。8、羊肚菌自从可以人工栽培后，在高额利润的刺激下，很多人转产到这个行业，产量连年创新高，价格不断下跌。种植者收益连年下降。

耀彩网登录大厅粗柄羊肚菌：菌盖近圆 锥形，高约7cm，宽5cm。凹坑近圆 形，大而浅，浅黄色，棱纹薄，不规则地相互交织。柄粗壮，淡黄色，长约10cm，基部粗5cm，稍有凹槽，向上渐细。子囊圆 柱形，有孢子部分150×18μm。孢子8个，单行排列，椭圆 形，无色，（22-25）μm×（15-17）μm。侧丝无色，顶部膨大。

梯棱羊肚菌是近年来我国菇民成功驯化的一个重要羊肚菌品种，因该品种的菌盖表面从上至下明显的脊和脊与脊之间的横隔，使其如梯子一般而得名。该种在我国四川、云南、鄂西南地区分布。该品种在分类上属于黑色羊肚菌直系，是目前中国羊肚菌人工栽培的主要品系。梯棱羊肚菌(Morchella importuna)对应的是系统发育学种中的Mel-10，该种区分于黑羊肚菌类群中其他品种的主要特点及菌盖表面像梯子一样的规律横隔，竖直方向上的凹坑和脊，以及它的栖息地是园林绿化区、种植园和木屑堆置场、花园等;据我们调查，在中国的分布主要集中在四川和云南的一些高山地区，海拔通常在800-1200米的阔叶林、混交林下。该品种在我国的云南、四川和湖北高海拔地区均有分布。